전 두개 품종과 뒤에 품종이 종자가 다른거라고 봐요.
앞은 청양. 뒤는 일반. 두개를 비교할 수는 없어요.
큰 문제 없는 것 같아요.  

고추에 가로 줄무늬가 있는것을 말씀하시나 봅니다.
제가 알기로는 칼슘부족일때 생긴다고 알고있습니다.
하지만 대부분 실제 칼슘 부족이라서 생기는것은 아니고 토양 수분이 부족하여 영양분을 흡수하지못해서 생기는 일로 관수를 좀 더 자주 해 주시면 해결 될 것으로 압니다.  

고추에 실금가는것은 붕사 부족입니다
밭 만드실때 붕사 뿌리지 않으시면 저리 됩나다
지금 저 상태에서는 치료 방법은 없고
새로 달리는 고추는 물에 녹여줄 수 있는 붕산을 뿌리시면 해결 됩니다
붕사는 입상으로 토양에 뿌리시는것이고
붕산은 분말로 물에 녹여 분무기로 줄수 있습니다
농약방이나 농협에 가시면 있습니다
여기는 1 킬로에 3000천원정도 합니다
도움이 되셨으면 좋겠습니다
화이팅 입니다 .  

저도 같은 증상이 일부 보여 올해 기술센터에서 교육 받은 고추 교재를 뒤져 보았더니
붕소 결핍이 맞는 듯 합니다. 증상이 교재사진과 일치하더군요.
교재의 내용 적어 봅니다. 참고하세요.
■ 붕소 결핍증
ㅇ 증상 및 발생원인
-생장점의 발육정지, 위축, 줄기 바깥쪽과 과실표피의 코르크화
-토양의 산성화로 붕소가 용탈된 후 다량의 석회를 준 경우
-토양이 건조하고 유기물 시용이 적거나 칼리비료를 많이 준 경우
ㅇ 대책
- 미리 붕소가 들어있는 비료를 준다.
- 응급대책으로 붕사 0.1~0.25% 수용액을 엽면 살포해 준다.