시듬병 같아요. 이를 막는 방법은 정식전에 미생물 자주 그리고 재배시 지속적인 사용을 권합니다.
그리고 비닐멀칭은 토양 초고온화를 유발해서 지온직후 뜨거운 햇빛을 받으면 이런 피해가 종종 나타납니다.  

안녕하세요 더운 날씨 수고 많으시죠
제 경험으로는 고추 뿌리가 벌레에의해 활착을 못해 고추가 크면서 고추가 열리면 양수분 공급이 안되어 시들어 가는것 같습니다 쥐며느리는 없었습니까?
저희 포장에는 쥐며는리에 의한 피해가 막심합니다
거의 30포기 이상입니다 이제는 그러거니 하고 생각합니다
빨리 뽑아 버리고 옆에있는 고추가 그 공간을 채우게 하시연 좋을것 같습니다 참고하세요  

사진에 보니 뿌리 바로 위에 수과을 벌레가 갉아 먹었는것 같습니다 쥐며느리나 달팽이에 의한 피해 같습니다